「大卒」として登録した社員が、給与計算の基準では「高卒」になっている
その社員の「社員区分」での規定に由来します。社員区分の登録では、社員区分（職務区分）によっては、実際の学歴とは関係なく、給与計算で認める最高学齢を制限する指定（学歴給限度学歴）があります。
ここで「高卒」と指定すると、実際の学歴が大卒でも給与計算上は高卒として計算します。解決策は、この社員区分の「学歴給限度学歴」を「大卒」以上に変更することです。
ただし、この場合は、すべての同一社員区分の社員全員に適用されますので、「ある特定の社員だけは例外にしたい」というケースは、別の方策、例えば「職能格」で調整する方が、賃金決定システム全体としては整合性がとれたものになります。
なお、新たな社員区分を作成した場合や、新たな学歴（学歴給限度学歴の変更も含む）を設定したような場合は、必ず、「正社員年齢学歴給」の生成をやりなおして下さい。